由于政府部門對證券市場的實質(zhì)性監(jiān)管，可以在一定程度上克服市場失靈，阻止經(jīng)營管理不善的垃圾股票發(fā)行上市，并可通過發(fā)行證券實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)傾斜，從而實現(xiàn)國家對經(jīng)濟的宏觀調(diào)控。在市場經(jīng)濟發(fā)展初期，這種做法有助于穩(wěn)定證券市場秩序，保障投資者利益。

　　姑且不論這種審核需要的技術(shù)性與專業(yè)性，即便不存在任何可以避免的失誤，自由市場意味著不同個體對市場做出自己的主觀判斷，個體判斷的差異性也正是自由市場值得向往的原因，因為自由的市場能夠為個體充分展現(xiàn)自己全部的可能性提供足夠的空間。

　　在這個意義上，如果認為政府能夠代替所有人思考判斷就是對自由市場的否定。既然不當審核確實無法避免，而其結(jié)果可能是導致一些合格甚至優(yōu)秀公司無法正常和公平地從證券市場籌資，也會讓一些劣質(zhì)公司進入市場，損害投資者利益和社會整體福利。

　　另外，對股票投資者而言，政府對證券發(fā)行進行實質(zhì)性的審核相當于政府對發(fā)行證券的隱形擔保和背書，使投資者習慣性地形成投資判斷依賴，在投資時容易受政府行為的影響，不進行審慎、獨立的判斷，難以建立自己的投資判斷和責任意識。一旦政府審查有誤，投資人難免蒙受損失。

　　(3)二者具體操作不同

　　由于理念不同、特征不同，注冊制與核準制在法律基礎(chǔ)、市場結(jié)構(gòu)、監(jiān)管方式、審核機構(gòu)、審核內(nèi)容等方面都有所區(qū)別。